Всички кристали, особено защитните натрупват в себе си ненужна информация, която не се преработва от тях, а остава на повърхността им, затруднявайки действието на самия кристал. Кристалът не може да изхвърли тази информация сам, защото не е по силите му да различи дали тя е необходима на човека. Ето така върху кристала се образува информационен боклук, затрудняващ работата му. Старайте се преди използване да почистете старателно всеки кристал, който е попаднал при вас за първи път.

Почти всички камъни се очистват добре с помощта на водата. Към редките изключения се отнасят диаманта и кехлибара. Те не биват да се чистят с вода при никакви обстоятелства.

Самата процедура за очистване на камъка е много лесна:

2-3 дена преди новолуние, в малко полиетиленово пликче налейте малко обикновена вода и сложете в нея камъкът или украшението с него. Завържете пликчето и го сложете в хладилника. След новолуние на 2-ия ден, извадете камъка, излейте водата, а пликчето изхвърлете. След подсушаване камъкът става чист и готов да ви помага, лекува и закриля.

Кристалите, в процеса на минералотерапия възприемат всички вибрации на болния, затова те се нуждаят от очистване и зареждане след всеки лечебен сеанс. Най-простият начин за очистване е използването на свойствата на водата и слънцето. Много е добре, ако камъните се излагат по-често на слънце. Но могат да се поставят и на перваза на прозореца, така се облъчват не само от слънцето, но и от луната.

За презареждане на кристалите се използва аметистова друза или чист кварц и четири единични кристала на кварц. Камъните, които изискват очистване, се слагат на друзата, а с единичните кристали се очертава кръст около друзата (със заострени краища по посока на друзата). Кристалите се поставят, съобразявайки се с посоките север-юг, запад-изток. Единичните кристали зареждат друзата, която предава енергията на камъните. Камъните могат да останат на друзата неограничено време. Самата друза практически няма нужда от очистване, заради силното отразяване на светлината от множеството кристали, което създава поле, способно да се самозарежда.

Силно изтощените камъни, или камъните с негативни програми, могат да се очистват със сол, желателно е морска. Слагате ги в полиетиленово пликче, което засипвате с нея. Така престояват 24 часа, след което изхвърляте  солта и изваждате камъните от пликчето. Солта извлича от камъка нечистотиите, неутрализира отрицателния заряд и възстановява хармонията. След такова очистване камъка трябва да се изплакне със студена вода и да се изсуши на слънце, а солта да се изхвърли.

Понякога е необходимо да се съчетаят различни начини за очистване, особено ако камъните са силно изтощени или замърсени. В такъв случай очистването трябва да продължи дълго време, дори до няколко месеца, докато камъкът не възстанови предишното си свойство да отразява светлината. Отначало трябва да се посипе със сол, после да се използва водно-слънчевия метод, след което да се постави на кварцова или аметистова друза. Но ако камъкът е бил много силно претоварен, той може и да не възстанови предишните си свойства.